Дмитрий Муштат

До момента, когда не умел писать сам - использовал плагин Fancybox.

Сейчас для всех нестандартных анимаций, в том числе и для модальных окон использую Greensock Animation Platform. Ооочень гибкая платформа для работы с анимациями. Вот пример простого модального окна: jsfiddle.net/y6snnwua

Дополняя ответ выше, дам ссылку на презентацию Яндекса по этому вопросу.
Думаю многое стане более понятно насчёт событий.
http://tech.yandex.ru/events/yasubbotnik/chlb-feb-2012/talks/154/

По-моему android и iphone прекрасно понимают media queries

Так почему бы не использовать их?
Что-то вроде:

@media only screen and (min-width: 240px), only screen and (min-device-width: 240px) {

#more-than-240px {
background:red;
}

}

Я хотел бы Вам посоветовать систему LabCMS, собственноручно написанную пользователем Loki3000. Модульность и удобная настройка, как на фронт-энде, так и на бэк-энде. Основные функции реализованы, и с грамотным API и быстрыми рекомендациями автора дописать свой функционал труда не составит. Я отказался от LiveStreet в пользу LabCMS. Рекомендую!