Вы уже написали клиент который работает через SOAP?
Судя по всему вы знаете Eng так что
spring.io/guides/gs/producing-web-service читайте тут пошагово как поднять SOAP сервис на spring boot это java.
Во первых преподу надо сказать, что SOAP полное говно, которое несёт в себе кучу не нужной информации.
Во вторых исполнять sql который ввёл юзер не безопасно. И как он вообще представляет себе валидацию что именно sql ввели.
Насчёт JNDI он хочет чтобы вы настроили на сервере connection pool - ищите про persistence.xml
Tomcat - не работает с Java EE он имплементирует только работу с сервлетами.
Кстати в spring boot что я указал выше, будет встроенный Tomcat.. По сути у вас в конце будет простой jar который вы запустите
java -jar yourServer.jar
Задание какое то странное...
