MrNobody

На мой взгляд предпочтительнее канал у провайдера, так как это обычно L2 туннель в их сети, то есть обычно такой туннель это изолированный влан проброшеный по оборудованию провайдера. Цена будет зависеть от скорости и провайдера, но я думаю что она будет дешевле чем ВПН тунель через интернет. При этом скорость будет полной, а задержки минимальными. Для оборудования предприятия это будет равносильно прямому оптическому кабелю, иными словами оборудования может использоваться любое. Кроме того такой канал будет надежнее пункта 2 так как проблемы магистрального провайдера никак не касаются этого канала. Так же своя оптика может оказаться накладнее, так как её ремонт будет лежать так же на вас. а в случае с каналом провайдера весь ремонт на их стороне.

Клиент: Есть много разных и навязывать конкретный не имеет особого смысла, потому как в некоторых клиентах бывают проблемы с настройками(непонятно что и где), где то с интерфейсом, что-то не идет под linux системы что-то не идет под windows системы, что-то работает с багами. Лично я использую qutim — он кросс платформенный, открытый, с простым доступным и понятным интерфейсом, поддержкой множества протоколов(хоть это и не обязательно), но он имеет версию 0.2… Из клиентов для windows систем, это миранда и qip. как вариант можно предоставить возможность выбора. и составить список того что можно использовать, с примерами по настройке и примерами интерфейсов, а сотрудники выберут то что им приятнее, в таком случае не будет претензий к вам по поводу клиента. Выбор это всегда хорошо, особенно в вещах которые использовать будут всегда.
Сервер: ничего дельного не скажу, скажу лишь что вполне достаточно будет чего-либо с возможностью автономной(без участия администратора) регистрации и стабильно работающего.