Вам нужно вынуть raw stream из исходного контейнера, потом сгенерировать таймкод и положить всё в новый контейнер. По крайней мере, ffmpeg в процессе мультиплексирования из одного контейнера в другой genpts не сделает.
Пример (не точно для вашего случая, но аналогично):
ffmpeg -i source.mp4 -map 0:v -vcodec copy -bsf:v h264_mp4toannexb source-video.h264
Потом -
ffmpeg -fflags +genpts -r 60 -i source-video.h264 -vcodec copy output.mp4
Добавлю, что это будет работать только в случае, если у вас постоянный frame rate и sample rate - угадать таймкод при непостоянном - нельзя.
