Скорее всего, программа кривая, и пишет неправильное значение sample rate в заголовок файла. Решение, в таком случае - использовать ffmpeg для перегона в raw pcm, а потом перегнать из него с указанием верного (меньшего, чем сейчас) значения sample rate.
Например, так
ffmpeg -i input.wav -f s16le -acodec pcm_s16le output.pcm
А потом - так:
ffmpeg -f s16le -ar 44.1k -ac 1 -i output.pcm file.wav
.
Если запись не 16, а 8 бит, то вместо
s16le
нужно использовать
s8
.