Попробуйте полностью отказаться от RemoteApp. С ним всегда много проблем. Пользователь может даже не понимать через что он открыл 1С и говорить вам, что одно, хотя на самом деле все по другому, RemoteApp все усугубляет. Например пользователь может открыть один и тот же документ через RemoteApp и толстый клиент и думать что на самом деле работает в одном окне, а на самом деле утром он открыл через RemoteApp, а днем закрыл и открыл толстый клиент и пытается зайти в тот же заказ, который открыл утром.
А магия в том, что при закрытии RemoteApp, клиент 1С не закрывается, и все открытые документы так же будут открыты. И пока вы не перезагрузите сервер, чтобы сбросить все сеансы, и не подойдете к пользователю чтобы наблюдать что он делает - вы не поймете что не так.
В общем мой совет, откажитесь от RemoteApp, перезагрузите сервак и наблюдайте что будет дальше на местах.