1. Убедитесь что вы скачали обновления именно для ЗУП (Базовая).
Если п.1 выполнен и обновления точно для вашей версии (Базовой) тогда причина скорее всего в том, что предыдущие обновления вам ставили "Сравнением/объединением с файлом *.cf"
Результат : Конфигурация поставщика осталась старой версии, а конфигруация бд (которая у вас на 1-м скриншоте) - актуальной версии.
Когда вы выбираете обновление в конфигруаторе - программа сверяет текущую версию конфигруации поставщика и файлы обновления. в Итоге говорит что версии не подходят. (Привет прошлым обновляторам).
Решение : Смотрите какая версия у вас текущая у конфигруации поставщика : (Конфигруация => Поддержка => Настройка поддержки. Там вы увидите вашу версию конфигруации поставщика. Скачиваете все обновления чтобы догнать конфигруацию до текущего вашего релизац конфигруации БД.
Выбираете первый, и жмете обновить. Вам откроется окно "Сравнение/объединение конфиграции". снимаете ВСЕ Галки. жмете применить. Таким образом вы обновите конфигруацию поставщика до следующего релиза. И так пока конфигруация поставщика не станет равной текущей версии конфиграции БД.
Дальше те действия, которые вы сейчас проделали - сработают.
!Обязательно сделайте бэкап перед всей этой процедурой!
UPD. Когда будете обновлять через дистрибутивы обновления обязательно поставте галку "Отображать окно сравнения конфигруаций" оно вылазит на одном из подготовительных шагов к обновления. если галку не поставите, она вам может текущую конфу затереть.

-- Создаем временную таблицу для реализации примера
Create table #tt1
(_Code nvarchar(10),
_Name nvarchar(100))

-- Наполняем временную таблицу тестовыми данными
Insert into #tt1 
Select '1.', 'Муромец'
Insert into #tt1 
Select '2.', 'Никитич'
Insert into #tt1 
Select '2.', 'Муромец'
Insert into #tt1 
Select '3.', 'Плясовая'
Insert into #tt1 
Select '3.', 'Никитич'

-- Выбираем строки где поле _Code повторяется 2 и более раз
Select
t1._Code,
t1._Name,
t3.Counter
From
#tt1 as t1
inner join(
	Select 
		t2._Code, 
		COUNT(t2._Name) as counter 
		from #tt1 as t2
		
	group by 
		t2._Code
	Having COUNT(t2._Name) >1
	) as t3
on t1._Code = t3._Code

-- Удаляем временную таблицу.
drop table #tt1

Думаю да, особенно если стоит MaxDOP = 0. В любом случае, текущий запрос занимает некоторые ресурсы, которые будут иметь некую конкуренцию за ресурсы оборудования с другими запросами (В т.ч. I/O диска на котором лежит база, Процессор сервера и т.п.). Изоляция "запроса" (вообще то Транзакции) влияет на доступность данных другим транзакциям, в общем-то Изоляция это и есть свойство транзакции, а не сервера и на производительность думаю это не сильно влияет.
Таким образом можно перефразировать вопрос так : есть такой-то запрос, который выполняется 15 минут, мешает ли он другим запросам к этой таблице или запросам других таблиц этой БД?
Ответ: Да, конечно. Т.к. (скорее всего) количество ядер на сервере ограничено и пропускная способность диска тоже, а этот запрос занимает некоторую их часть (Возможно даже значительную, но это понятие относительное).