Midzakikayo

В scanf_s при задании ввода строки, нужно указывать, кроме адреса буфера еще и реальный размер буфера в параметрах. Смотрите пример использования тут: https://en.cppreference.com/w/c/io/fscanf
Обычный scanf считается не безопасным, и не без оснований, конечно. Поэтому его использование не рекомендуется, о чем в сообщении и пишут. Но это можно обойти, как именно, написано в том же сообщении. Правда задание _CRT_SECURE_NO_WARNINGS влияет не только на использование scanf, но и на пачку других функций.
Определять #define _CRT_SECURE_NO_WARNINGS нужно до включения любых заголовков стандартной библиотеки. Что бы это определение на них подействовало. Проще всего это сделать в параметрах командной строки компилятора с помощью опции -D_CRT_SECURE_NO_WARNINGS

Твой сервер и так поддерживает соединение.

Начни изучение с более низкоуровневых вещей, а не с этого.

Судя по постановке задачи в хранилище должен быть единственный словарь, а не список. А вот значения словаря уже списком, в которые и будут добавляться новые. Примерно так:

def file_write(key, val):
    try:
        data = json.load(open(storage_path))
    except:
        data = {}

    if key in data:
        data[key].append(val)
    else:
        data[key] = [val]

    with open(storage_path, "w") as f:
        json.dump(data, f, indent=2, ensure_ascii=False)

def file_read(key):
    with open(storage_path, "r"):
        data = json.load(open(storage_path))
        print(data.get(key, 'Пусто'))

Думаю, что тут проблема в том, что /bin/bash, который запускается через Process.Start не знает, куда ведёт [тильда] попробуйте запустить
/bin/ls с аргументом [тильда], чтобы проверить

шелл понимает а c# код не знает что такое тильда