Вы повесили обработчик на клик по документу который снимает активный класс с иконки, т.е. когда вы кликаете по цифре(span элементу) у вас сначала обрабатывается обработчик который вешает класс active на иконку, затем событие всплывает до документа и вы убираете класс active с иконки. Чтобы избежать данного поведения необходимо предотвратить всплытие события дальше по дереву т.е. добавить строчку e.stopPropagation(); в обработчик клика по ссылке, а так же советую прочитать про всплытие событий в javascript.
При клике по самой иконке событие так же всплывало, но у вас стоит if в котором вы проверяете наличие класса иконки у родителей элемента по которому был произведен клик, так же closest начинает искать переданный селектор начиная с самого элемента, поэтому класс не убирался.
