Melkij

df выводит размер файловой системы, который не имеет никакого отношения к размеру физического или виртуального диска.

Теперь в гостевой системе доступен должен быть физический диск в 100, но вы не объяснили системе, как использовать эту лишнюю ёмкость. Изменяете размеры разделов, изменяете размер файловой системы. Точно так же, как при переезде физической машины на другой физический диск большего размера.

Господа, вы о чём? Система ведь явно стоит на LVM. Устройство называется /dev/mapper/VolGroup-lv_home
Банальное расширение пространства за счёт нового диска - элементарное действие. xgu.ru/wiki/LVM

Но смысл SSD тогда загадочен становится, в этом согласен с Denis Verbin

Засуньте eth0 в отдельный бридж, на внутренний порт хоста повесьте первый адрес.
Затем в виртуалке сделайте вторую сетевую карту, её присоедините к этому новому мосту и назначьте ей второй адрес. Первая сетевая пусть так и смотрит в серую подсеть другого моста.

Если охота покопаться, но более красиво - используйте один openvswitch мост с разбивкой на vlan'ы. Тогда у вас будет влан для серой сети, прочие гостевые получают просто accessport этого vlan'а, гостевая с белым адресом получает транк с двумя vlan'ами. Хосту делаете внутренний порт доступа влана с внешними аресами, eth0 включаете в этот же vlan как порт доступа.

PS: "на сервере будет". Раз будет, то почему не debian jessie? Релиз через неделю и потом не париться с обновлением.

Положите в /etc/apt/preferences.d/(любое имя, например имя этого пакета) файлик с содержанием

Package: (имя пакета)
Pin: origin ""
Pin-Priority: -1

man ssh_config
Создаёте ~/.ssh/config и заполняете соответствия host и IdentityFile. Тут же можно указать порт, имя пользователя и другие радости.

Пробовали stdout и stderr перенаправить в файл? Может, aticonfig что-нибудь пишет по этому поводу. В dmesg тоже ничего странного?

На правах гипотезы - скрипт срабатывает слишком рано, после него стартует кто-то ещё (например, переинициализируется при запуске иксов) и сбрасывает настройку в дефолт.

Не выясняли, 35% - это минимальная дефолтная скорость кулера вашей видеокарты или сбросит ниже если улучшить охлаждение видеокарты?
Как решение в лоб и надёжно - перешить биос видеокарты с изменённой схемой управления кулером.

- загружаюсь с флешки с GParted и по образцу и подобию диска1 восстанавливаю разметку диска2 (флаги, метки в том числе)
- загружаюсь с флешки с CloneZilla и по очереди клонирую разделы диска1 (нормального) на диск2 (пациента)

Заменить на:
- загружаетесь с любого livecd и делаете dd if=/dev/sdb of=/dev/sda bs=1M.