MegaMufa

В вики уже все давно реализованно, зачем вам это засовывать в гит?

В идеале было бы, что бы при принятии pullrequest-а, на моем сервере запускался скрипт, который вытягивал бы новый текст статьи в базу. На как уведомить сервер об изменениях?

у гитхаба есть webhooks

Используйте composer

Алгоритмы:
Т. Кормен: Алгоритмы. Построение и анализ.
Д. Кнут: Искусство программирования (3 тома, 4-ый на подходе).
Н. Вирт: Алгоритмы и структуры данных.

Проектирование:
«Банда четырех»: Приемы объектно-ориентированного проектирования. Паттерны проектирования. (На правах кэпа; так уж часто ссылаются на эту книгу, когда речь идет о проектировании).