Если вы не проставите внешние ключи, то данные можно будет менять только через ваше приложение. Если вдруг вам понадобится что-то поменять в обход описанных алгоритмов, то вы рискуете потерять целостность данных. А такие ситуации бывают довольно часто.

Если же вы выставите ключи, то бд сама будет следить за целостностью. Она не даст вам записать неконсистентные данные и при удалении каскадно удалит все "осиротевшие" записи (если ключ этого требует).

Плюс каскадное удаление бд сделает быстрее, чем ваш код. Вы например удаляете пользователя и надо удалить все его записи. Вам для этого сначала придется выбрать все его записи. Удалить их. А уже потом удалить пользщователя. А в внешними ключами вы просто удаляете пользователя, а бд сама подчистит все зависимые записи.