Владимир

1 убедитесь что mysql слушает порт 3306 и проверьте что он точно слушает на 127.0.0.1 (может он слушает исключительно на другом адресе)
2 фаервол есть ? настроенн ?
3 selinux поидее в debian выключен, но всеже проверьте командой sestatus если disabled то все ок

1 фильтр нужен только если вам нужно работать не со всеми нодами а только с частью по какомуто критерию.
2 про предобработку и макрос - посмотрите как сделан шаблон "Template Module Linux block devices by Zabbix agent" (у меня уже пятый заббикс но поидее он был такимже и в четвертом) - там берется содержимое файла /proc/diskstats и предобработкой заполняется в массив, после уже дискавери находит нужные блочные устройтва и создает итемы который по имени блочного устройства берут из массива нужное значение.

Коннектор к графаны к заббиксу и тулзы типа nagstamon используют этот апи:
https://www.zabbix.com/documentation/current/manua...

selinux отключили ?

Я бы сделал так:
1 кастомный итем который чекает идет ли антивирусная проверка
2 повесил тригер который срабатывает при запуске антивирусной проверки
3 тригеры на цпу и тд которые срабатывают изза антивирусной проверки сделал бы зависимыми от тригера про антивирусную проверку.

Итого пока идет проверка зависимые тригеры подавлены, и ровно на то время пока она идет, и не надо ничего руками делать в "Обслуживании"

Вам нужно использовать LLD - low-level discovery

Сколько времени занимает получение через zabbix-get ? может наступает таймаут ? мне кажется что там таймаут секунд 10.

Основной функционал для чего я использую графану - визуализация однотипных метрик с большого кол-ва серверов. В коробочном заббиксе это можно сделать через "Lastest data" но это крайне не удобно. В графане же можно сделать в дашборде выпадающие списки нужных серверов, метрик и тд - намного удобней.

Это значит что то что отдал заббикс агент на сервере который вы мониторите не json обьект.
на заббикс сервере запустите руками zabbix_get -s $1 -k system.run["smartctl --scan-open"] | grep "/dev/sd"
где $1 заменяете на ип сервера который вы мониторите. Скорее всего вывод вместо данных будет какаянибуть ошибка, если же вывод похож на json - проверьте его на всякий случай какимнибуть онлайн валидатором.

Делаете самодельный чек для заббикс агента, например на баше:
проверяем вывод команды "ip a" на наличе вашего vip адреса и потом отдаем 0 или 1

То что вы делаете крайне не безопасно, правильнее выдавать разрешение на запуск от рута только необходимых файлов, в файл /etc/sudoers.d/zabbix добавляем чтото такое (пример от мониторинга рейда и смарт статуса)

Cmnd_Alias ZABBIX = \
        /opt/MegaRAID/MegaCli/MegaCli64,\
        /usr/sbin/smartctl

Defaults:zabbix !requiretty
zabbix  ALL=NOPASSWD: ZABBIX