Версия nginx под Windows использует “родной” Win32 API (не эмуляцию Cygwin). В настоящий момент в качестве метода обработки соединений используется только select(), поэтому не стоит ожидать высокой производительности и масштабируемости. В силу этого и ряда других известных проблем версия nginx под Windows рассматривается пока как бета-версия.