McBernar

Нет, шейдерные материалы в threejs так не работают.

Попробуйте сделать воду через стандартный материал Блендера. Он должен переехать как есть в meshPhysicalMaterial, вроде. Там не 100% параметров соответствует, но близко к этому.

Модификаторы — это же математика в Блендере. Gltf об этом ничего не знает.
Примените все моды, чтобы вся геометрия была реальной, а не параметрической.

Вы же в курсе, да, что MeshNormalMaterial просто представляет нормали геометрии в определенных цветах? Грубо говоря, в какую сторону смотрит поверхность - такой и будет цвет.

Если вам нужен определенный цвет - используйте любой из подходящих материалов - Ламберт, Физик.

Положите модель туда, где лежит ваш JS-код и грузите. Ну и сервер, конечно, должен быть запущен.

light.shadow.camera.near = 100;