Я понимаю вашу проблему. Есть некие базовые знания, но вы не знаете — как спроектировать цельную архитектуру.
Думаю, вам надо начать с изучения популярного паттерна mvc. Это позволит иметь хотя бы какую-то логику на проекте.
Либо, вам надо познакомиться с подходом раздельного фронта и бека, общающихся по api через тот же ajax. PHP в данном случае будет простой апишкой.