MaxUp

а запускается как? В автоматическом режиме или человек запускает?
Если последнее — AJAX + использовать функцию register_shutdown_function(), что бы отловить момент прерывания задачи, возращать назад флаг, что импорт не закончен + номер последней записи. Повторять запросы в автоматическом режиме, пока задача не будет выполнена.

можете посмотреть в сторону Simple NaiveBayesClassifier for PHP

Хороший цикл статей про Байесовскую категоризацию на php:
Implement Bayesian inference using PHP

+
на хабре недавно — Вероятностные модели: байесовские сети