все зависит от лицензии. Если лиц. не было… то по сути автор может делать практически все, что захочет (За исключением преднамеренной порчи данных). Он может повестить баннер (как он вам ответил, при этом программа ведь все равно получается бесплатная, а банер это не ограничение) или может сделать программу полностью платной (с версии Х).