Насколько я понимаю, должен же присутствовать счетный регистр таймера. Его в прерываниии UART ставим в 0, нет ?
P.S к сожалению, с LPC11u12 не знаком. Но в AVR я сбрасываю TCNT регистр.

Решение в комментах, проблема в была в именовании файла контроллера.