ТЗ в Word-e/Open Office. Проектирование интерфейса - можно на бумаге, можно аналогом Balsamiq Mockups - их много подобных есть и бесплатные.
При разработке софта главное это система контроля версий и баг-трекер. Последнее время я предпочитаю систему Assembla где всё это объединено. Контроль версий, баг трекер и Wiki.
Но можно подобную систему собрать самому из опенсорсных программных продуктов.