Делал миграцию для сайта с изменением структуры, переезды на новый домен, переезды на новый домен с изменением структуры. Имеется как позитивный так и негативный опыт миграции.
Были просадки, незначительные. Но потом рост, потому что добавлялись новые факторы
Не знаю конкретно вашего случая, но я бы делал миграцию в таких случаях :
1) При необходимости смены CMS (эта причина наиболее популярная)
2) Ради использования нового домена, содержащего в имени ключевики (на грани EMD)
3) Ради возможности использовать ключевые слова в URL
Миграцию комфортно делать если вы не топ, так есть шансы что вы улучшите позиции. Если вы топ, то так есть риски потерять позиции. Решать Вам.
PS. Работал только с Google, как в Yandex обстоят дела сказать не могу.