Когда переносите файлы на сервер у вас в файлах есть (.htaccess) Если есть то ваш сервер не видит его. Надо в настройках сменить что бы видел этот файл
Делаешь просто. define("ROOT", dirname(__DIR__));
define Это константа. ROOT Это путь с самой первой папки на сервере.
Дальше например define("FOLDER1", ROOT . '/folder1');
Здесь в FOLDER1 хранится полный пусть к папке "folder1"
Дальше можешь подключать просто так. include FOLDER1. '/b.php';
И всё.