Можно ли изменить типовую конфигурацию так чтобы не было видно изменений при сравнении через настройку поддержки?

Единственный нюанс, чтобы описанный сценарий работал на длительном отрезке времени необходимо, чтобы злоумышленник не только однократно внес изменения, но и в дальнейшем обновлял конфигурацию с учетом этих изменений. Иначе при первом же обновлении на типовую изменения будут удалены.

Кроме этого в текущей версии 1С существует механизм расширений, который позволяет менять поведение конфигурации без ее изменения, однако проверить их наличие достаточно просто в информации о программе в пользовательском режиме.