У вас в голове полная каша. Вы не можете понять где у вас сервер, где HTML, а где браузер.
некоторые файлы он вставляет с форматированием , а другие нет.
РНР не вставляет никакие файлы. Из РНР вы получаете
ссылку. Её читает
браузер. Который дальше и читает файл, и "вставляет" код, и форматирует его.
При чем то, что браузер показывает в инструментах разработчика, может не иметь вообще ничего общего с тем, что на самом деле лежит в файле. Если хотите посмотреть реальное "форматирование", то надо смотреть сам файл, а не то что браузер рисует в инспекторе