Стоит понять зачем у вас такая странная развесистая структура файлов. Может быть её стоит переделать и упростить.
Ну и node_modules не обязан содержать только чужие файлы.
Алексей Тен: У меня там большая библиотека классов. И классы используют друг друга и приходится порой подключать класс из соседней ветки директорий. Такое не упростить и не переделать.
В Typescript-е есть опция baseUrl. С ее помощью это легко решается. Задается корень всей иерархии классов. А как тут это сделать - пока ума не приложу.
xmoonlight: второй не решает проблемы вложенных модулей. Получается у каждого модуля должен быть по идее свой global.__base. И вообще все это решения не для модулей, а скорее для своего собственного кода, причем свой код не предполагается публиковать как модуль, иначе может быть конфликт имен (так как это глобальный __base получается).