Что-то у вас показания не сходятся. Вы пишите «новый объект» и при этом приводите в пример код в котором не создаётся новый объект, а изменяется существующий.
Если история не нужна, то
1. просто счекаутить всё,
2. удалить файл .gitmodules и папки .git во всех подмодулях
3. добавить папки подмодулей как обычные папки в git
4. закоммитить