Проблему удалось решить
1. Сбросил BIOS’ы на default и обновил прошивки еще раз. Т.е. сделал стартовую чистую среду по дефолту
2. Сделал загрузчик UEFIсредствами RUFUS (можно и Diskpart’ом, но дольше и геморойнее). Так же обязательно выставить файловую систему NTFS
3. В BIOS мат.платы выставил слот PCIe в который воткнут контроллер в режим UEFI
4. В BIOS мат.платы выставил, загрузку UEFI или UEFI & Legacy
5. В BIOS мат.платы выставил первым загрузку BIOS UEFI Shell
6. Save and Reboot

Дальше все пошло как по маслу. Загрузилась оболочка UEFI(чем то похожа на powershell), там ручками был захвачен диск, указана папка с файлом бута (bootx64.efi) и полетела установка Server 2016
После первого ребута установщика винды зашел в БИОС и обнаружел в списке доступных загрузок UEFI Windows Boot.
Поставил его первым в загрузке. Happy End
Инфу нарыл тут
https://technet.microsoft.com/en-us/library/cc7490...