Вы не указали размер вашей файловой базы и сколько пользователей. Файловая база имеет ограничение по объему + при большом количестве юзеров будет тормозить ввиду ограничений архитектуры и простым наращиванием вычислительных ресурсов эти проблемы не объехать. Если база по размеру небольшая и юзеров не много, то можно перейти на БП редакции 3.0, которую уже можно будет опубликовать на веб-сервере (Apache или IIS), что поможет снять часть проблем.
Если же юзеров много и база распухла, то надо переходить на SQL (PostgreSQL или MS SQL).
P.S.
6GB RAM - для сервера это вообще ни о чем.
У меня на клиентских машинах минимум 8Gb и этого бывает не хватает.