В настройках окна запуска 1С можно указать путь до файла формата *.v8i с общим списком информационных баз на сетевом ресурсе.
Один файл с общим списком баз для всех юзеров, указать его один раз. Всё.
Путь к файлу со списком баз будет автоматически записан в параметре CommonInfoBases конфигурационного файла 1CEStart.cfg.
Вот если нужно, что бы у разных пользователей автоматически формировались индивидуальные списки баз в соответствии с профилем, или что бы юзеры сами не могли менять этот список и редактировать параметры запуска, то тут да, будет немного сложнее, но тоже решаемо.
Подробнее:
Управление общими списками информационных баз 1С:П...