Все оказалось до банального просто!
Я выводил принятые айаксом данные, через скрипт Custombox. А перед этим загружал в специально отведенное место, саму форму. А сам Custombox перед выводом клонирует кусок к себе и выводит уже вою копию присланной сервером формы. В результате получалось что в документе есть 2 копии одной формы. И я пытался взять файлы из невидимой копии. Проблему решил вытаскиванием данных через this events
$('body').on("submit", "#upload_form", function(e){
var fil = $(e.target).parents(".form_place").find("#get_file")[0].files;
console.log(fil);
});