Alexander Larin

Начните с книги "Компьютерные сети, нисходящий подход" Куроуза, потом читайте Олиферов, затем закрепите книгой для подготовки к CCNA от Cisco.
Маргинальные курсы и кастрированные статейки обходите, как чёрт ладан, если специалистом хотите стать.

посмотрите курсы от Cisco, выясните как стать сертифицированным специалистом.
Даже если вы не будете работать непосредственно с Cisco, для получения их сертификата вам придется изучить все основы как работает сеть достаточно глубоко, чтобы легко адаптироваться к любому другому сетевому администрированию.

MikroTik RB2011UiA S-2HnD-IN

Экономичный вариант, либо если бесплатно где-то отламывается. Серия устарела, посмотрите RB4011. Кстати, за оптику. Если там реально оптика - провайдер вполне может поставить свою железку и рулить ею не даст.

Насчет провода пофиг, но если будете сами обжимать - заведите тестер и нормальную обжимку.

Что касается полки. Если в качестве исключительно файлопомойки, сгодится любой самый дешевый Synology/QNAP. Если хотите еще что-то на нее навесить - учтите, что железо там ... у меня наверное телефон мощнее :) Платят там в основном за фирменную морду, которая более-менее решает задачу "линух для тех кто его не знает и не хочет знать".

Микротик умеет только 1 гигабит на оптическом порту. Если провайдер дает 100м линк через соответствующий конвертор, то оптический порт не заработает.
Если это PON - то тоже не заработает, так как там не просто конвертор, а достаточно умное устройство.
Кабель 5е. Если расстояния до 50м то заработает даже на самом дешевом биметал из ближайшей компьютерной лавки. Все, что выше 5Е - либо для 10г, либо для понтов.
2011 серия уже устаревшая, там ни AC ни 5ГГц нет.

В первую очередь встал вопрос, брать маршрутизатор встроенной оптикой или делать с отдельным конвертером.

А для чего вам оптика? Вы уверены, что ваш провайдер предоставит вам оптическую линию, которая будет работать с вашим оборудованием?

MikroTik RB2011UiA S-2HnD-IN

старая модель с в разы менее производительным процессором чем оба hAP ac и ac2. Также, нет поддержки 5Ghz Wi-Fi.

Еще вопрос, имеет ли смысл загоняться с кабелем в плане категории, хватит 5-6е или брать 7.

Смысла нет, любая самая дешёвая витая пара, если не повреждена и изначально не бракованная, с лёгкостью обеспечит гигабит внутри локальной сети.

В плане NAS присмотрел пока QNAP D2, в этой ценовой категории интереснее не нашел, но может вы знаете)

Как человек, некоторое время упарывающийся по NAS, выражу мнение - лучше Synology ничего нет. Не обращайте главное внимание на характеристики железа, в этом случае софт решает, а у Synology он лучший.

Если у вас не GPON, то стоит взять ac2 и медиаконвертор. Если GPON, то ставить провайдерскую железку в режиме bridge и не париться с оптикой на микроте. Для дома лучше витая пара категории 5е.