В большинстве(если не во всех) современных роутеров есть шейпинг по MAC/IP, и расписание шейпинга. Если нет в родной прошивке, то посмотрите OpenWRT для своей железки.
В этой конструкции апач не только не нужен, но и вреден. Там на его месте должно быть php-fpm, а 403 и 404 потому что index-файла нет на месте, а листинг директории запрещен.
Выкиньте апач, найдите nginx+php-fpm гайд и сделайте по нему.
1. Ubuntu v16 не существует. Есть Ubuntu 16.04
2. amd64 — архитектура процессора, так же она называется x86_64, на 64-разрядный процессор Intel'а именно она и ставится.
