50к - не так уж и много записей. Я бы сказал мало. У меня устройства кидают свои GPS координаты, там только с устройства по 10-50к точек В ДЕНЬ. База 200-1000Gb.
Собственно как загонять позиции в базу - вариантов вагон.
Можно тем же Excel - если верно помню, он это напрямую конектить умеет, но если нет, то можно сохранить в CSV и подсунуть в базу через PHPMyAdmin.
MS Access точно умеет соединятся с базами через ODBC. Т.е. можно сделать достаточно лояльный к пользователю Front-End.
Тут скорее вопрос предпочтений. Можно ведь и через нотпад забить SQL-файл.
Также есть Navicat, ToadSQL, MySQL-овский GUI.