Смотрите сами - перевешивают ли выгоды от работы с этой компанией, чем трудоустройство в другую компанию по ТК. Действительно, Вы теряете в больничных, теряете в правах - в случае косяка, работодатель может отобрать всю Вашу собственность. Пенсии скорее всего проблемой не будут, т.к. ИП платит взносы в пенсионный фонд. Дополнительно работодатель может разорвать контракт с Вами в любой момент. Ну, и выходных у Вас не будет - т.к. в договоре с ИП должен быть указать конкретный объем работ и конкретный срок, чтобы это не выглядело как попытка ухода от налогов работодателем (а штрафы там будь здоров и есть разъяснения судов и налоговой инспекции по этому поводу).
Ещё Вы ничего не приобретаете. Условно - налоги платите Вы сами, никто не будет платить ипшнику на 40% больше, чем штатному работнику - это оптимизация выгодна только лишь работодателя, а не сотруднику.
Плюс, если компания иностранная, может быть очень неприятно попасть на валютный контроль и не получить свои честно заработанные деньги от слова "никогда".