Все библиотеки, которые работают с юзерботами, обращаются к Telegram API. То есть все они имеют одинаковые методы для работы с Телеграмом, но отличаються синтаксисом и т.п.
Проблема заключается в том, что какие-то библиотеки последний раз обновлялись давно. Вот например последнее обновление Pyrogram было аж 10 месяцев назад (Github), а вот Telethon обновляется постоянно (Github).
Для ответа на вопрос что лучше, я потестил Telethon и понял, что в нём очень сложно разобраться. Сначала я думал, что в документации ничего не сказано про методы, но потом нашёл Telethon API с примерами кода и разобраться было чуть легче.
Но проблем было гораздо больше с установкой. Чтобы установить Telethon нужно сначало установить wheel. Потом после ввода номера телефона и создания файла сессии, у меня отсоединился аккаунт от других устройств (решение).
И последнее замечание - к сессиям. Во-первых сессия, созданная Pyrogram, не может использоваться в Telethon и наоборот. Во-вторых Pyrogram создаст файл один раз, и потом можно будет обращаться только по имени этого файла, а Telethon всегда нужны будут api_id, api_hash, device_model, system_version и app_version.
Перед нами выбор: простой синтаксис и документация, но не обновлённый - Pyrogram или пройти через несколько проблем с началом работы, но содержащий новые методы - Telethon. Ответ простой. Всегда используй Pyrogram, но если будут нужны новые методы, которых нет в Pyrogram, то используй Telethon.