Что если сделать такую структуру папок:
/laravel
/helpers
/domain
-----/www
-----/subdomain1
-----/subdomain2
-----/subdomain3
Все что в папках www и subdomain обращаются за файлами в папки laravel и helpers которые в единственном экземпляре.
А делим все апачем где в VirtualHost параметр DocumentRoot определяем для каждого домена и субдомена соответственно:
/var/www/laravel_project/domian/www
/var/www/laravel_project/domian/subdomain1
/var/www/laravel_project/domian/subdomain2
/var/www/laravel_project/domian/subdomain3
Если они могут быть объединены по какому-то параметру, то лучше один сайт. Если они совсем разные и не подойдут под примерно одну аудиторию, то лучше будет разделить на отдельные.
У нас в компании 4 энтерпрайзных проекта на Yii2. В том числе CRM. В том числе и связь с телефонией, 1С, баг-трекером. Всё работает отлично, без нареканий. О каких "слабых" местах вы говорите? Прекратите читать - начните делать!
Это мнение людей которые не умеют делать большие проекты. Им просто кажется, что если бы они могли взять вначале другой фреймоврк/язык/базу то результат был бы намного лучше, на деле же они просто не имели понятия о проблемах с которые появляются в больших проектах.
