LIAL

phpMyAdmin стоит ?? если стоит у него есть функция экспорта в .sql если не стоит, то можно через консоль к серверу или кроном запустить что-то типа (с учетом вашего расположения БД):

mysqldump -h localhost -u DB_NAME -pservice!579_ -d lialbiz_service > /_mybackups/lialbiz_db_service.sql

Это сокорее фича системы а не PHP+MySQL (хотя думаю и из под них прикрутить можно.)
У меня так сайт бэкапится + база:

1. tar -cvzf /_mybackups/NAME_www.tgz /home/NAME/public_html /home/NAME/includes — те каталоги которые мне нужны сворачиваю в архив

2. mysqldump -h localhost -u LOGIN PASSWORD -d DATABASE > /_mybackups/db_service.sql — снимаю дамп с базы

3. tar -cvzf /_mybackups/db_service.tgz /_mybackups/db_service.sql — базу в архив

4. rm /_mybackups/db_service.sql — удаляю дамп

Таким образом на выходе архив с БД и с сайтом

про кроны (Cron) погугли — там ничего сложного. А это есть моих 4 задания крон, которые ты сам ставишь с какой нужно периодичностью. при необходимости можешь делать версионирование по датам. прораммировать ничего не нужно — раз настроил и у тебя всегда есть архив с тем что нужно

targz + cron