LGNadin

После того, как вы внутри range указали длину списка, он сохраняет изначальную его длину, переменная внутри range не изменяется.
Простыми словами, он запомнил, что len(lst) = 5 и дальше не будет изменять этот параметр.

В вашем случае лучше длину списка задать изначально и задать условие выхода:

n = len(lst)

for i in range(n):
    if i == n:
        break
    if len(lst[i]) == 1:
        lst.pop(i)
        n -= 1

range(len(lst)) вычисляется один раз, при заходе в цикл, а не вычисляется при каждой итерации.