Что лучше: список foreign keys в сущности или сводная таблица?

Думай Головой:
Самая простая реализация - это таблица связи, проще уже некуда.
Вариант со списком id усложнит код и добавит вам головной боли при поддержке и расширении проекта. Не изобретайте колесо.