Вместо указания сканировать все классы без разбору можно использовать @Import(SomeConf.class), так немного красивее, хотя те же яйца - beanDefinitionException на одноименные spring-компоненты. Что вобщем решается переименованием или указанием имени для компонента.
В общем вопрос решен, но если найдутся гуру которые подскажут более элегантное решение - буду рад.