Центральный блок увеличивается за счет transform scale, который получает в качестве значения относительные величины, а не точные. В результате у центрального блока присутствует погрешность, пусть и не значительная.
Отступы не пересчитываются в зависимости от центрального блока, а компенсируются. Т.е. между блоками находящимися слева и справа от центра отступы меньше, чем между остальными.