Для запуска скриптов nodejs на сервере рекомендуется использовать forever
https://www.npmjs.com/package/forever
В этом случае процесс не завершиться при закрытии окна консоли, т.к. запускается в отдельном демоне.
Также forever перезапускает скрипт в случае его падения. По умолчанию делает 5 попыток запуска с интервалом в 1 сек. Но это можно настроить.