Вобщем-то вы попали в точку, то есть это самый (ну один из самых - это точно) "расшаренный" сайт по безопасности веб-приложений, там есть много всяких проектов, которые тем или иным образом касаются безопасности именно веба.
Но в вашем случае вам нужно посмотреть этот проект по пентесту веб-приложений на уязвимости (то есть по обнаружению). В том проекте есть гайд в pdf формате (относительно свежий), где все очень хорошо и удобно расписано, там описываются все виды уязвимостей, как их искать (описываются и черный, и серый ящики), как их потом можно будет раскрутить, ссылки на дополнительные статьи и конечно же инструменты/сервисы для автоматизации и помощи в обнаружении тех уязвимостей.
Так же там на сайте есть статьи (иногда даже проекты отдельные) по некоторым видам уязвимостей, тоже интересно будет почитать.
Из CGI-сканнеров можно выделить Acunetix Web Vulnerability Scanner (но платный, собака, хотя торрент в помощь), так же можете посмотреть ZAP от участников того самого OWSAP'a.
Насчет сервисов: если про онлайн сканнеры, то, как правило методики работы не разглашаются (особенно, если коммерческий), вот у опен сорсных сканнеров всегда есть мануаллы по принципам их работы, но хочу заметить такие сканнеры обычно выявляют тривиальные уязвимости и изучение их работы очень много не даст по пентесту веб-приложений. Если вы имели ввиду сервисы, как команды специалистов, которые проводят аудит, то они, естественно тоже этого не разглашают, но есть организации (как описанная выше - OWASP), которые созданы как раз для того, чтобы делиться информацией и описывать всевозможные методики и хитрости по обнаружению и эксплуатации уязвимостей, помимо подобных организаций можно много полезного узнать на соответствующих форумах (RDot.org, например).