Тоже столкнулся с такой проблемой в 2х разных местах (и там и там Mikrotik v7.x и WS2012r2) Переподключения RDP были только через VPN L2TP, как в виде VPN сервер Mikrotik - VPN клиент Windows, так и в виде VPN сервер Mikrotik - VPN клиент Mikrotik. Наличие/отсутствие IPsec ничего не меняло. Помогло увеличение таймаута UDP с 10 до 20 секунд на Mikrotik (если Mikrotik-Mikrotik, то с 2х сторон)
ip/firewall/connection/tracking/set udp-timeout=20s
Нашёл решение на
https://forum.mikrotik.com/viewtopic.php?t=178364#...
Пост №23

Я правильно понимаю, что вы файловую базу открываете удаленно (с филиала) через впн? Если так, то лучше через впн зайти на комп с локальной базой через RDP и там открыть 1с. Или сделать публикацию информационной базы на веб-сервере.

"Был сделан 1 рейд nvme на базе софтового рейда" - если средствами мат платы, разберите его и просто пробросьте оба диска в проксмокс, там соберите ZFS raid1 (можно прямо при установке). Правильно выберите параметр ashift для вашего массива.
Как вариант, можно поставить проксмокс на 6хHDD 2,4TB SAS, а zfs raid1 использовать только для вм
При создании вм укажите контроллером диска VirtIO SCSI single, так же отметьте "Использовать QEMU Guest Agent"
После установки вм обязательно установите virtio-win driver с помощью iso-образа https://pve.proxmox.com/wiki/Qemu-guest-agent
Да, вм для 1с или 2019, ну или 2022 если хочется более долгосрочной поддержки