Тоже столкнулся с такой проблемой в 2х разных местах (и там и там Mikrotik v7.x и WS2012r2) Переподключения RDP были только через VPN L2TP, как в виде VPN сервер Mikrotik - VPN клиент Windows, так и в виде VPN сервер Mikrotik - VPN клиент Mikrotik. Наличие/отсутствие IPsec ничего не меняло. Помогло увеличение таймаута UDP с 10 до 20 секунд на Mikrotik (если Mikrotik-Mikrotik, то с 2х сторон)
ip/firewall/connection/tracking/set udp-timeout=20s
Нашёл решение на
https://forum.mikrotik.com/viewtopic.php?t=178364#...
Пост №23