Не понятно, откуда у вас возникли такие мысли.
Нигде в документации не сказано, что php-fpm вдруг, в отличие от php-cli или php-cgi, перестал читать php.ini.
php_value и другие созданы для переопределения значений php.ini у конкретных пулов, а не для глобальной конфигурации.