А я посоветую взять методичку по программированию для 1го курса (паскаль, си — неважно) и делать лабораторные работы по порядку — математические вычисления, ветвления, циклы, массивы, объекты и так далее — уверен, выполнение пары-тройки десятков типовых задач здорово помогут.
Удачи!

Мне кажется проще сделать всё через объекты. А именно — сначала распарсить многомерный массив в массив объектов, ну а отсортировать массив объектов по нужному полю не проблема:

var arr = [];
options.forEach(function (key) {
    var o = {
        first: key[0],
        second: key[1],
        third: key[2]
    };
    arr.push(o);
});

var asc = function (field) { // функция для сортировки в прямом порядке (по возрастанию)
 return function (x, y) {
   return x[field] > y[field];
 }
};

arr.sort(asc('first'));

Я делал так:

var cacheDB; // обновляется из БД раз в полчаса (либо при событии-изменении данных) 

mw = function (req, res, next) { // прослойка, добавляющая кэш БД к реквесту
    req.session.dataDB = cacheDB;
    next();
};

app.get('/', mw, function (req, res) { // добавляем mw сюда
    // рендерим страницу / обрабатываем данные в зависимости от реквеста
});

// и так далее
app.get('/about', mw, function (req, res) {
    // ..
});

Думаю что не буду оригинален, и всё же скажу — вы забыли точку с запятой, из-за этого и проблема!

Решил с помощью setTimeout и рекурсии функции, которая делает getJSON.

Рекурсия-то там зачем?..

Интересует как осуществить это правильней? И как похожие вещи сделаны в том же ВКонтакте (получение сообщений, комментарии), GMail и так далее?

Как правильно уже сказали, лучше через websocket.
Вот например была статья хорошая: habrahabr.ru/post/127525/