JustRoo

С Backbone никогда не работал, поэтому могу не понимать каких-то принципиальных вещей, учитывай это.

Я в свое время пытался сделать нечто подобное, но натыкался на целый ряд граблей. Главная грабля - хранение состояний компонентов (и приведение компонентов к требуемому состоянию). Получается, что либо ты ограничен stateless-компонентами, чего не всегда достаточно, либо хранишь состояние компонента в URL'e, но тогда возникает конфликт между компонентами на одной странице и да хранят тебя боги, если ты вдруг задумаешь колдовать с этим через HistoryAPI, либо пытаешься сохранить состояние компонентов как-то еще и строишь собственный велосипед со всеми вытекающими. Вторая проблема - изоляция компонентов и, наоборот, обмен данными между ними.

На самом деле, все зависит от того, что тебе нужно от компонентов. Чем меньше в них будет логики, тем более реализуема эта схема.

На уровне проектирования собственной CMS, тем более модульной, уже требуется переходить с банального "инклюдим файлы из папочки с модулями" на что-то посерьёзнее, а это требует и хорошего понимания самого PHP, и хорошего понимания ООП в целом: паттерны, инкапсуляция, наследование, полиморфизм, корректное использование замыканий и так далее. Лично я вижу два возможных пути развития в этом направлении:
1) От практики к теории, то есть найти какой-то популярный фреймворк, расковырять его, посмотреть, как он устроен, и разобраться/спросить, почему он устроен именно так, а не иначе;
2) От теории к практике: почитать про программную архитектуру (хотя бы книжку "банды четырёх" про паттерны и какие-то базовые вещи из Фаулера), продумать архитектуру своей CMS и начать думать, как это правильно закодить.

Единственно правильного ответа на вопрос "как организовать модульность" не существует, есть разные подходы со своими плюсами и минусами. В качестве самого базового можно рассматривать паттерн Наблюдатель (в php традиционно реализуется через SplObserver, а одна из самых популярных его реализаций - система Event Dispatcher из Symfony). Про разные способы его воплощения в коде можно почитать вот здесь.