АртемЪ

Цифровая подпись - криптографическая система, защищающая файл от изменения.
Т.е если файл подписан - можно с уверенностью говорить что файл не подменили.

Сертификат - удостоверение того кто подписывает.

И то и другое вы можете сгенерировать сами. Инструменты для этого есть в любой ОС.
Например в windows это makecert.exe
winitpro.ru/index.php/2015/12/28/kak-sozdat-samopo...

И какую юридическую силу будет иметь данный алгоритм в суде?

Алгоритм никакой юридической силы не имеет в любом случае.

Так называемую юридическую силу может иметь документ, при условии его правильного оформления.
Один из важнейших моментов правильного оформления - заверение документа подписями, печатями, и.т.п.
Электронный документ можно подписать электронной подписью - для этого должна использоваться ЭП выданная доверенным центром.

В итоге если у суда будет доверие к доверенному центру выдавшему вам ЭП, и документ будет соответствующим образом оформлен, то тогда он будет иметь юридическую силу.

Наймите специалиста который будет этим заниматься.
Или потребуйте от тех кто вручил вам эту флешку провести обучение.
Или найдите того кто обучит вас самостоятельно.

Вам же не просто так на улице подошли и дали флешку, это сделала организация с которой вы работаете, с определенной целью - например банк выдал для того чтобы вы могли отправлять платежки, или для участия в торгах, чтобы отправлять заявки, или для сдачи отчетов в налоговую.