Наверно стоит сделать так:
1. Открыть первый файл и считать данные
2. Выписать данные файла в список с key, закрыть файл
3. Открыть второй файл
4. При отправке в другой файл проверить на нужный key и переписать файл (Если колонки одинаковые то связать key с текущим столбцом).