Для увеличения общей производительности надо заставить RDBMS использовать merge, а не hash join и не nested loop с использованием индекса.
Для этого сливаем две таблицы
SELECT id FROM x
UNION ALL
SELECT id FROM x
UNION ALL
SELECT x_id FROM y
В этом наборе каждый id входит 1 раз (если он содержится в y и не содержится в x), 2 раза (если он содержится в x и не содержится в y) и 3 раза (если содержится в обеих таблицах).
Затем группируем и выбираем те группы, которые содержат ровно две записи
SELECT id
FROM (SELECT id FROM x
UNION ALL
SELECT id FROM x
UNION ALL
SELECT x_id FROM y
)
GROUP BY id
HAVING COUNT(*) = 2
Такой запрос не требует индексов и будет очень эффективен даже на очень больших таблицах
Разумеется, решение основано на предположении об уникальности id в таблице x, и уникальности x_id в таблице y. Если же id не уникален в таблице x, то надо выполнять
SELECT DISTINCT id FROM x
вместо
SELECT id FROM x
Это же касается таблицы колонки x_id колонки y
